La collezione grafica della Fondazione spazia in un arco cronologico che va dal XVI secolo fino ai giorni nostri.
Il tratto distintivo della raccolta è caratterizzato dalla ricchezza e dalla coerenza delle opere del Viviani, pittore-incisore di gran rilievo e spessore tra quelli presenti nel panorama italiano del primo Novecento. La raccolta ripercorre la parabola artistica e professionale ma anche umana di colui che amava definirsi il "principe di Bocca d'Arno".
Di notevole importanza sono, anche, le opere della De La Morinière, artista francese attiva nella metà del XIX secolo e che operò a pisa nel 1837. La Fondazione custodisce le sue opere, perlopiù vedute cittadine di Pisa, che rimandano alla realtà, ormai scomparsa e dimenticata, della città ottocentesca.
Completano la collezione della grafica nomi altisonanti nel panorama artistico italiano quali Bruno Cassinari, Elisabeth Chaplin, Jean Baptiste Desmarais, Ranieri Grassi, Antonio Ligabue e Ardengo Soffici.

